SAXSpace体系 | 高效且稳健的SAXS研讨

2022-11-11 14:55:01 作者:虎瘦雄心在
导读:SAXSpace系统 | 高效且稳定的SAXS研究,用线准直测量低浓度且易受辐射影响的生物样品的小角X-射线散射 (SAXS) ,可以确保短的测量时间,并且得到满足分析低分辨率的3D结构的...

用线准直丈量低浓度且易受辐射影响的生物样品的小角X-射线散射 (SAXS) ,可以确保短的丈量时间,而且得到餍足阐发低辨别率的3D布局的超群数据质量。

_生物样品的SAXS

SAXS 可认为生物样品,如卵白质、RNA、DNA及其复合物等在近乎天然状态的溶液条件下提供非常有代价的布局信息。但是,得到生物质料的高质量SAXS数据黑白常庞大的,这是因为低样品浓度使得散射曲线信噪比低,而且样品稳健性低。

线准直提供了降服这些挑衅的奇特上风:

相比力于点准直,进步了信噪比精良的样品稳健性(没有辐射侵害所致的样品变性)高辨别率(比方,更小的散射矢量)及高通量以确保丈量时间短为了数据剖析和布局研究,利用尺度步伐对线含糊化的SAXS数据举行评估。

_试验和效果

在这个研究中,将试验室SAXS仪器线准直(关闭靶SAXSpace体系)与点准直(扭转阳极靶体系)丈量的lysozyme卵白溶液(5 mg/ml)的散射曲线举行比力。两个试验的曝光时间和qmin是一样的。

线准直测得的数据消含糊后的1D散射曲线和对间隔漫衍函数p(r)与点准直得到的完全符合(图1)。

图1:lysozyme的径向密度漫衍:理论与试验数据相比力

利用GIFT1步伐中IFT运算规则。

消含糊后的数据利用DAMMIF2步伐,举行低辨别率模子的重修。如图2所示,晶体布局(PDB132I)明显与低辨别率的表面符合合。

图2:lysozyme和transportin-1低辨别率3D表面模子

更进一步的SAXS数据在100 kDa 人类核转运受体transportin-1卵白浓度为8 mg/ml下记载。 如观看到的lysozyme,DAMMIF步伐由线准直下测得的散射数据得到的低辨别率模子与晶体布局(PDB 4FDD)完全同等。这评释,利用线准直的得到的SAXS数据很好地得当于研究溶液中的生物样品。

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